Pascal Ballet, Alain Pothet, Gradimir Misevic,
Anne Jeannin-Girardon, Alexandra Fronville et Vincent Rodin.
Une approche multi-agent pour la simulation en biologie cellulaire.
Dans Le vivant discret et continu - Modes de représentation en biologie
théorique, sous la direction de Nicolas Glade & Angélique
Stéphanou.
Collection Sciences & Philosophie, éditions Matériologiques,
chapitre no 6, pages 155-194, septembre 2013.
Résumé:
La modélisation informatique individu-centré permet de
créer toutes sortes de simulations en biologie cellulaire et
moléculaire.
Avec un logiciel approprié, la création de maquettes
numériques est relativement simple et permet de bien appréhender
le système réel modélisé.
Ce document présente les objectifs et les enjeux de cette recherche
ainsi que les intérêts pour le chercheur et l’étudiant.
Les limites sont également précisées. Un bref historique
est ensuite abordé afin de placer cet article dans son contexte.
Enfin, une approche originale est présentée avec deux simulations
à réaliser sur le logiciel NetBioDyn. Ces expériences
virtuelles sont réalisables sans connaissance particulière
en programmation.
Mots-clés:
Simulation, Modélisation individu-centré, biologie cellulaire,
biologie moléculaire.
Abstract:
Individual based modelling is a way to build many kind of simulations
for cellular and molecular biology. With an appropriate software,
the creation of numerical models can be easy and give an interesting
experience of the real system. This course shows the challenges of this
research and shows its interests and limits. Afterwards, a short history
is presented. Finally, an original approach is shown then two examples
of simulation made with the software NetBioDyn are detailled.
Keywords:
Simulation, Individual-based modelling, Cellular biology, Molecular
biology.
[link]
[Ballet13a.pdf]