Gireg Desmeulles, Dominique Dupré, Vincent Rodin et Laurent Misery.
La simulation informatique multi-agents: Vers une nouvelle voie de
recherche en allergologie et en immunodermatologie.
CARD'2003, Congrès Annuel de la Recherche Dermatologique,
Session Posters, Poster P31, page 83, Rouen (France), 12-13 Juin 2003.
Résumé:
L'objet de notre étude est de mettre à disposition des
chercheurs en allergologie et immunologie un plateau technique de
simulations numériques utilisant l'approche multi-agents
(système individu-centré), afin de développer un
véritable laboratoire d'expérimentation in virtuo
en biologie. L'approche informatique retenue propose de modéliser
un système biologique à partir des concepts d'agents
(individu: cellule), d'environnement, d'interaction, d'organisation et
d'utilisateur (biologiste).
Un agent informatique est une entité autonome capable
perpétuellement de percevoir son environnement immédiat,
de décider d'une action à réaliser et enfin d'accomplir
cette action en agissant sur son environnement.
Nous avançons dans la mise au point d'un modèle multi-agents
de la réaction allergique, permettant d'envisager des expériences
simples in virtuo. Ce type de modélisation a l'avantage de
permettre une description simple d'interactions plus ou moins complexes
entre cellules. Nous parlerons alors d'agent-cellule. Plusieurs types
d'agents-cellules peuvent ainsi être modélisés
(Lymphocytes B, T, ...) au sein d'un système multi-agents
modélisant une réaction immunologique. Les interactions
peuvent quant à elles être modélisées via
l'échange de messages entre agents. Ces messages peuvent être
assimilés à l'échange de messagers chimiques
(Interleukines, Interférons, ...) entre cellules.
Nous présenterons les premiers résultats obtenus grâce
à un moteur de simulations multi-agents utilisant SBML (Systems
Biology Markup Language). SBML est un langage de description standardisé
permettant à un non-informaticien de décrire simplement des
réactions biochimiques. Les résultats présentés
issus de simulations concerneront la liaison entre l'histamine et son
récepteur.
L'intérêt de cette approche est de tester des hypothèses
(e.g.: quelle est l'action d'une nouvelle molécule sur une
réaction?) ou de travailler sur des pathologies pour lesquelles il
n'existe pas de modèle animal in vivo ou de modèle
in vitro travaillant ainsi sur un modèle informatique
in virtuo.
[Desmeulles03b.pdf]